El nombre del municipio se compone de las radicales náhuatl Xonotl, jonote que significa corteza correosa, y Tla que significa abundancial, es decir "donde abunda el jonote". Asentado sobre la Sierra Madre Oriental, Jonotla es un atractivo para los amantes del ecoturismo y la naturaleza en el que podrán admirar paisajes y disfrutar de actividades al aire libre.
Su construcción data del siglo XVI y se dice que fue diseñado por el propio Felipe II ya que concuerda con inmuebles ordenados por el monarca en aquella época. Los primeros misioneros que llegaron a este lugar enseñaron a los indígenas, técnicas de construcción con las que desarrollaron tecorrales y caminos.
El 24 de junio fiesta del patrono San Juan Bautista, el 22 de octubre fiesta con motivo de la aparición de la Virgen del Peñón, el 12 de diciembre: la Guadalupana. El 1 y 2 de noviembre se erigen ofrendas en honor de los muertos. Danzas de los negritos, quetzales, moros, los españoles y los toreros.
Cuenta la leyenda que en el sitio donde se ubica el santuario tuvo lugar una aparición, dos habitantes de la localidad descubrieron en una roca la figura de la virgen de Guadalupe y al informar a los vecinos del prodigio se formó una comisión para resguardar el lugar y construir el santuario. Su fiesta patronal se celebra el 22 de octubre.
En 1922 fue bautizado como el “Balcón de la Sierra” por su impresionante mirador 360°. Esta bella edificación se localiza en lo alto de la peña de Jonotla. Resulta curioso saber que en este mismo sitio se rendía culto a Tepeyolotli, “corazón del monte”. Cuenta la leyenda que en cuanto el niño Fidel Alejandro se percató de la figura de la Virgen de Guadalupe en la piedra, corrió a avisarle a su madre la cual dio anuncio a todo el poblado. Fue entonces que un grupo de vecinos corroboró el suceso. Al ver la imagen grabada, de inmediato se formó una comisión para resguardar el lugar y la sagrada pieza.